La muestra debe tomarse siempre en el lugar de mayor homogenización del tanque aerobio, y siempre en el mismo punto y profundidad.
Debe dejarse una capa de aire de aproximadamente la mitad del bote de muestreo para que los microorganismos no se queden sin oxígeno.
Una vez en el laboratorio, para realizar la observación al microscopio debe de agitarse suavemente la muestra para homogeneizarla.
La observación se realizará sobre una gota de entre 25 y 50 ml que se recogerá con una pipeta, colocándola sobre un portaobjetos y cubriéndola seguidamente con un cubreobjetos.
Para proceder al análisis microscópico se recomienda observar la preparación con los diferentes objetivos del microscopio, dejando el objetivo de 100x para el final.
Se recomienda observar de 2 a 4 gotas para una mayor representatividad del análisis.